O irmão do rei, D.Pedro, acaba por tomar conta do poder, ao qual chegou por golpe de Estado, em 1667; em 27 de Janeiro de 1668 depôs o irmão Rei Afonso VI de Portugal. Foi rei por morte deste em 12 de setembro de 1683.
Afonso IV, coagido a abdicar do governo do reino a seu favor, acabaria desterrado nos Açores, em Castelo de Angra, onde esteve cinco anos. De regresso, ficou em cativeiro, em Sintra, onde acabaria por morrer em 1683.
